◆プロテインシーケンサで分析するサンプルの調製についての注意◆
（分析できるかどうかはサンプルの調製にかかっている！）

１．液状サンプルの場合，緩衝液がはいっていてはいけない。
　　Edman 分解反応では pH を上下するが，緩衝液が入っているとそれを阻害し，正常な反応が進まなくなる。最終精製として最も好ましいのは，逆相HPLC（揮発性溶媒，たとえばTFA/CH3CN，を用いる）である。ゲルろ過や透析を最終にするのはコンタミの原因になる。

２．サンプルの純度が十分であること。
　　何らかに方法で純度が保証されていないと，結果の解釈を誤る恐れあり。

３．PVDF 膜にブロッティングしたサンプルの場合，膜の取扱に注意。
　　必ず手袋をして，きれいなピンセットと鋏を用いて装置にセットすること。手はアミノ酸の宝庫。アミノ酸による汚染によって最初の２，３残基は読めなくなることが多い。

◆解析上の注意

１．シーケンスが読めない場合
　N末端がブロックされているかサンプルの量が足りないか。判断は分析に供したサンプルの mol 数が重要（分子量とタンパク量が推定されている必要がある）

２．途中のサイクルで読めない場合
　Cys，修飾アミノ酸，回収の悪いアミノ酸（Trp, Ser, Thr）

３．分子量の大きなタンパク質の場合
　　サイクルが進むにつれてバックグランドが大きくなる場合が多い。長く読めない。

４．Pro が多いと切断反応の効率が悪くなり，長く読めない。

◆参考書（配列解析を行う前に必ず読んでほしい）
１．新生化学実験講座１　タンパク質 II 一次構造，日本生化学会編，東京化学同人，p152-181.

２．遺伝子クローニングのためのタンパク質構造解析　ブロッティングとシークンシング　平野　久著，東京化学同人.

　　　　　　　　　　　　　　　　　（プロテインシーケンサ担当：鈴木道生、黒岩真弓）

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